La deuxième alternative consiste à utiliser le FEP formula92 exponentiel de Zwanzig au lieu de NBB; par exemple, l`approche traditionnelle selon le schéma 1. Contrairement à BAR ou NBB qui emploient deux trajectoires par FES, FEP n`utilise qu`une seule trajectoire, ce qui réduit les coûts de calcul. Les résultats correspondants sont indiqués dans la colonne la plus à droite du tableau 2 (ΔΔAsolvFEPtrad). Comme on peut le voir, l`utilisation de FEP conduit à une déviation de 0,21 kcal/mol de l`expérience. Bien que cet écart puisse être considéré comme acceptable pour les applications standard de FES, il s`agit d`un ordre de grandeur supérieur à l`écart QM-NBB (0,03 kcal/mol). De plus, l`écart type (0,09 kcal/mol) est plus de deux fois celui de QM-NBB (0,04 kcal/mol). La mauvaise performance de FEP ici est d`accord avec les observations récentes pour MM FES, 82 − 84 où FEP était nettement moins précis et précis que toutes les autres méthodes d`énergie libre. En pratique, les FES exigent généralement des États de λ intermédiaires; c.-à-d., on doit effectuer des simulations à λ = λ0, λ1,…, λn – 1, λn, avec λ0 = 0 et λn = 1. Puisque l`énergie libre est une fonction d`État, on n`a pas à repeser chaque État λ; Il suffit de ne procéder à la repondération qu`aux États finaux. C`est la base de l`approche indirecte de QM FES; Schéma 1.

On peut voir le schéma indirect QM-NBB correspondant dans la figure figure 2.2. Nous décrions l`approche pour l`état final 0. Pour les étapes analogues à l`État 1, remplacer λ0 par λn – 1 et λ1 par λn. La simulation MM à, par exemple, λ0 est considérée comme une simulation QM en présence du potentiel de polarisation VB = UMM – UQM. Avec une simulation MM à λ1, NBB est utilisé pour calculer la différence d`énergie libre ΔA (λ0, QM/MM → λ1, MM). Cela devrait être comparé au schéma indirect basé sur le FEP habituel où ΔA (λ0, MM → λ1, MM) serait calculé par une méthode et combiné avec ΔA (λ0, MM → λ0, QM/MM). En plus d`utiliser QM-NBB, les données brutes ont également été évaluées par FEP et NB-FEP (SMD uniquement). Pour ces derniers, on a utilisé le cycle thermodynamique standard de QM indirect (schéma 1); appliqué au calcul de ΔAsolv pour un soluté X à l`aide d`un modèle IS, le schéma illustré à la figure Figure22 simplifie le calcul des énergies libres de solvatation absolue implique la désactivation progressive des interactions soluté – solvant jusqu`à ce que le soluté soit dans un État de gaz idéal non-interagissant. Ce processus nécessite la mise à l`échelle de toutes les interactions soluté – solvant et conduit naturellement à l`application du système de FES indirect. Le tableau 4 indique la performance des résultats basés sur MM et QM/MM pour l`éthane et le méthanol. Les résultats MM sont affichés dans la première colonne, tandis que les résultats QM-NBB sont affichés dans la seconde.

Encore une fois, la différence entre MM et QM/MM est statistiquement significative. Les deux méthodes montrent un bon accord avec l`expérience; les écarts quadratique-moyen-carré, RMSD, sont d`environ 0,4 et 0,2 kcal/mol respectivement (voir la dernière rangée du tableau 4). De note, les résultats du RMSD indiquent que l`excellent accord expérimental observé antérieurement (ΔΔAsolv, tableau 2) était fortuit et probablement dû à l`annulation d`erreurs. Néanmoins, il est également clairement démontré qu`une réduction significative des erreurs peut être réalisée lors de l`application de la QM-NBB FES. Dans cette étude, nous avons également testé l`utilité de la repondération de MM à QM basée sur FEP, qui, par analogie à NBB nous appelons NB-FEP. L`application d`EQ 8 à EQ 2 donne SMART Smart, mesurable, réalisable, pertinent, objectifs à temps réduit GLD bon niveau de développement (un jugement des premières années) les statistiques sont compilées en fonction du secteur d`activité et de la forme juridique.